La Megafarmacia del Bienestar costará más de 15 mil millones de pesos a lo largo de sus 30 años de operación, lo que representa un incremento de más de 4 mil millones respecto al presupuesto original.
La Secretaría de Hacienda y Crédito Público (SHCP) informó que la inversión en la compra del terreno, la construcción de bodegas, el acondicionamiento del espacio, así como los gastos de operación y mantenimiento del Centro Federal de Almacenamiento y Distribución de Insumos para la Salud (Cefedis), ubicado en Huehuetoca, Estado de México, subió de 10 mil 800 millones a 15 mil 028 millones 465 mil 872 pesos.

Laboratorios de Biológicos y Reactivos de México (Birmex) también modificó el presupuesto para los primeros años del proyecto. En 2023 destinó mil 676 millones 649 mil 569 pesos, y en 2024, mil 937 millones 908 mil 556 pesos. En total, erogó 3 mil 614 millones 558 mil 125 pesos en solo dos años.
El Gobierno de México impulsa la Megafarmacia del Bienestar con la promesa de mejorar el abasto de medicamentos en todo el país. Sin embargo, especialistas en logística y salud pública han cuestionado la viabilidad y el alto costo del proyecto.